發(fā)布日期：2017-04-13

對于前列腺癌來說，復雜的基因組重組事件是非常普遍的一個現(xiàn)象。然而，之前的研究對這一問題并沒有得到很好的解決。對于二代測序（NGS）技術來說，檢測片段長度大于1kb的基因組結構變異存在一定的挑戰(zhàn)。Next generation mapping技術能夠與NGS形成互補，很好的解決基因組大片段的變異問題。

日前，澳大利亞研究人員通過結合NGS與NGM技術（該技術基于Bionano Genomics公司的Irys 系統(tǒng)）完成了世界首例前列腺癌全基因組的繪制，為進一步理解該病提供了新的見解。該研究選擇標準格里森評分（Gleason score）為7分的前列腺癌樣本，這是診斷中最常見的，但在臨床上是高度不可預測的一類。

這項研究揭示了以前未檢測到的與該病相關的DNA變化，相應結果發(fā)表在《Oncotarget》雜志上。通過前列腺癌全基因組繪制獲得的信息可以用來描述個體的腫瘤特征并揭示以前無法識別的信息，進而使疾病的治療更有針對性。

該研究發(fā)現(xiàn)的大片段DNA重排事件是此前發(fā)現(xiàn)的10倍，并發(fā)現(xiàn)了15種新的前列腺癌的潛在驅動因子。

Garvan醫(yī)學研究所Vanessa Hayes教授

該研究負責人，Garvan醫(yī)學研究所Vanessa Hayes教授說，“盡管多年來我們一直在研究前列腺癌，但對這些腫瘤的驅動因素了解有限。臨床上最大的挑戰(zhàn)之一是區(qū)分哪些癌癥會擴散并危及生命，哪些癌癥可以避免損傷較大的臨床治療。為了進行靶向治療，我們首先需要了解每個腫瘤的驅動基因。”

研究人員使用新的NGM技術和全基因組測序相結合，揭示了迄今為止最全面的前列腺癌全基因組圖譜。

對于大多數(shù)的癌癥來說，主要是驅動基因上的點突變或小的插入缺失所引起，而前列腺癌比較獨特。此前，我們只了解前列腺癌中少量的小級別的遺傳變異，然而，目前看來，它更可能是由基因組內的大型復雜的DNA重排引起的。

Hayes教授表示，在這項研究中，新的mapping技術與全基因組測序的協(xié)同分析非常重要。她說，“我們不能僅使用測序技術完成這項工作。全基因組測序在識別小的DNA突變時非常有用，但是當一個基因完全被刪除，轉移到另一條染色體上或多次擴增時，測序可能就無法檢測到。結合下一代mapping技術，我們發(fā)現(xiàn)了大量的大規(guī)模重排，然后基因組測序使我們能夠鑒定出受這些重排影響的基因。”

參考文獻

《Next generation mapping reveals novel large genomicrearrangements in prostate cancer》

來源：測序中國（微信號：seq114）